عملکرد نه چندان مطلوب مناطق آزاد کشور در سال‌های اخیر موجب گلایه فعالان اقتصادی شده و پرونده تعیین تکلیف اداره این مناطق و ادامه فعالیت دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد در دولت به جریان افتاده است.
سیدعلی مدنی‌زاده وزیر امور اقتصادی و دارایی دیروز در نشستی با دبیر شورای عالی مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی و ویژه اقتصادی و مدیران عامل مناطق آزاد سراسر کشور  از روزمرگی این مناطق گلایه کرد.
وی گفت: با وجود اقدامات انجام‌شده در مدیریت مناطق ازاد، هنوز با نقطه مطلوب و مورد انتظار فاصله وجود دارد و لازم است تلاش‌ها در این زمینه افزایش یابد.
مدنی‌زاده بر ضرورت استفاده از تجربه مدیران سابق مناطق آزاد و همچنین مهارت‌ها و ایده‌های مدیران فعلی تأکید کرد و گفت: باید با بهره‌گیری از این ظرفیت‌ها، مطالعات عمیق‌تر و علمی‌تری درباره مناطق آزاد انجام شود و نباید همچون گذشته درگیر مسائل و مشکلات دم‌دستی و روزمره شویم.  
وی در ادامه با تأکید بر جایگاه راهبردی مناطق آزاد در اقتصاد کشور تصریح کرد: فراموش نکنیم که مناطق آزاد باید الگوی سایر مناطق و پروژه‌های اقتصادی کشور باشند و اگر قرار است برنامه‌ای پیشروانه در اقتصاد کشور به مورد اجرا گذاشته شود، پایلوت آن باید مناطق آزاد باشد .
مدنی‌زاده همچنین بر ضرورت فاصله گرفتن از رویکردهای روزمره و حرکت به سمت برنامه‌ریزی عمیق، علمی و آینده‌نگر در مدیریت مناطق آزاد تأکید کرد تا این مناطق بتوانند نقش مؤثرتری در پیشبرد سیاست‌های اقتصادی کشور ایفا کنند.

موضوع پیچیده است
در همین حال حسین رمضانیان معاون سازمان اداری و استخدامی کشور دیروز از احتمال تعیین تکلیف نهایی دبیرخانه مناطق آزاد خبر داد و گفت:در حالی حدود پنج ماه از ابلاغ مصوبه شورای عالی اداری درباره اصلاح ساختار دستگاه‌های زیرمجموعه وزارت امور اقتصادی و دارایی می‌گذرد که یکی از مهم‌ترین بخش‌های این مصوبه، یعنی تلفیق دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد با ستاد وزارت اقتصاد، همچنان به مرحله نهایی اجرا نرسیده است .
وی به  تسنیم گفت: آنچه در شورای عالی اداری تصویب شده، اصلاح ساختار مناطق آزاد است و برای اجرای آن هم در خود مصوبه زمان‌بندی مشخصی در نظر گرفته شده است.
وی افزود: مصوبه شورای عالی اداری خطوط کلان اصلاحات را مشخص می‌کند و پس از ابلاغ جزئیات و فرآیندهای اجرایی، باید در مهلت‌های تعیین‌شده، معمولاً دو تا چهار ماه انجام شود.
رمضانیان ادامه داد: در مصوبه اصلاح ساختار، موضوع این بود که عنوان مستقلی تحت عنوان دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد در ساختار وزارت اقتصاد وجود نداشته باشد و با هدف ایجاد هم‌افزایی، این دبیرخانه با ستاد وزارت اقتصاد تلفیق شود. وی با بیان اینکه این موضوع با پیچیدگی‌هایی مواجه شده است، افزود: بحث مناطق آزاد به دلیل ابعاد مختلف آن از جمله مسائل سیاسی و حقوقی، پیچیده شده و همین موضوع باعث شده تصمیم نهایی درباره نحوه اجرای این بخش از مصوبه با تأخیر مواجه شود.
معاون سازمان اداری و استخدامی تصریح کرد: اکنون دو گزینه مطرح است؛ یا دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد با ستاد وزارت اقتصاد تلفیق شود یا ساختار فعلی آن به شکل گذشته حفظ شود. وی با اشاره به اینکه اختیار اصلاح این ساختار وجود دارد، گفت: قرار است درباره وضعیت نهایی دبیرخانه تصمیم‌گیری شود و این موضوع در حال پیگیری است.
 گزارش خبرنگار اطلاعات حاکی است: مناطق آزاد تجاری و صنعتی کشور قبلا تحت نظارت مستقیم نهاد ریاست جمهوری بود که در دولت نهم، اداره این مناطق به وزارت امور اقتصادی و دارایی محول شد. با این وجود حتی تغییرات ساختاری مذکور هم نتوانست ماهیت جذب سرمایه گذاری خارجی را به مناطق آزاد ایران باز گرداند. عملکرد این مناطق در طول سال‌های گذشته به گونه ای بوده که بیشتر مشوق واردات مصنوعات مصرفی خارجی بوده‌اند تا سکوی پرتاب تولیدات داخلی به سمت بازارهای بین‌المللی. فعالان اقتصادی و سرمایه گذاران داخلی هم از عملکرد مناطق آزاد ایران رضایت ندارند و معتقدند که در این مناطق همچنان با قوانین و مقررات دست و پاگیر سرزمین اصلی روبرو هستند.
یکی از سرمایه‌گذاران صنعت پوشاک در جزیره کیش  با گلایه از سرایت مقررات دست و پا گیر سرزمین اصلی به مناطق آزاد به خبرنگار اطلاعات گفت: هنوز با همان ضوابط پولی ، بانکی، بیمه‌ای  و مالیاتی سرزمین اصلی  روبرو هستیم و معلوم نیست برای چه به مناطق آزاد آمده‌ایم؟ اگر قرار بود سرمایه گذاران در مناطق آزاد با همان سختگیری های سرزمین اصلی مواجه باشند، پس چرا نام این مناطق را آزاد گذاشته اند؟